■　山本（やまもと）：　青森県東津軽郡外ヶ浜町蟹田山本。地名の由来は、当地の開拓者が山来某という人で、その姓をとったものといわれている。当地の丘陵上に小国城（館）跡がある。山本遺跡ともいわれ、主な出土品としては土師器片・石器などがある。【出典】

■　山本（やまもと）：　栃木県宇都宮市山本。田川中流右岸の沖積地と低丘陵に位置する。

■　山本（やまもと）：　栃木県芳賀郡益子町山本。八溝山地から西北にのびる台地上に位置し、中央を浅間山を源とする小貝川支流のぐみ川が流れる。地内に縄文中・後期の山居台遺跡があり、戦国期に高塩氏によって築城された山本城跡の濠跡が現存している。字山本入には長者の娘が自害したという伝説のある長者窪と呼ばれるところがある。【出典】

■　山本（やまもと）：　千葉県館山市山本。地名の由来は山のふもとの意味と言われる。嘉吉年間、神余氏の家臣山下佐衛門定包が安房郡を山下郡と改めたといわれるが、山下氏、山下郡の名は山本村から起こったとも言われる。【出典】

■　山本（やまもと）：　新潟県岩船郡関川村山本。荒川の支流鍬江沢川の右岸。当地は黒川氏の所領で山本氏は代官的存在であったと思われる。地内には金掘沢の地名があり、砂鉄掘の跡と思われる。近江国出身の鍛冶職が佐渡国へ流されたのち当地に移り住んで山本氏を名乗り、天正年間以降本庄に移動して鋳物師を業とした。【出典】

■　山本（やまもと）：　新潟県十日町市山本。地名は、当地が山すそに立地するという地形に由来すると言われる。

■　山本（やまもと）：　富山県富山市山本。富山県南砺市山本。地名の由来は、山際すなわち山下(やまもと)方に開けたことによってつけられたものといわれる。

■　山本（やまもと）：　富山県射水市山本。地名の由来は、山麓の原野を開拓して村立てをしたことからつけられたといわれる。

■　山本（やまもと）：　石川県加賀市山本町。動橋(いぶりはし)川の支流、那谷(なた)川の下流域に位置する。地名の由来は不詳だが、「官地論」に現れる一向一揆の指導者の１人山本円正入道の居館跡があると伝える。【出典】

■　山本（やまもと）：　岐阜県高山市国府町山本。地名の由来は、愛宝（安峰）山麓の村の意という。【出典】

■　山本（やまもと）：　長野県飯田市山本。地名は、山のふもとという地形に由来すると言われる。

■　山本（やまもと）：　滋賀県東近江市五個荘山本町。箕作山の麓にあることから山本と名づけられたのではないかといわれている。

■　山本（やまもと）：　滋賀県長浜市湖北町山本。山本山の南麓に位置し、中央を余呉(よご)川の下流が流れる。地名の由来は、北部にある山本山による。【出典】

■　山本（やまもと）：　旧山城国（京都府）。木津川流域の左岸に位置する。地名の由来について「府地誌」は、「本村字桐山ノ麓ニ聚落ヲナス依テ山本ノ称アリ」とする。【出典】

■　山本（やまもと）：　大阪府八尾市山本町。玉串川中流域に位置する。地名の由来は、新田開発により当地を開いた山中庄兵衛・本山重英の頭文字をとったことによる。【出典】

■　山本（やまもと）：　兵庫県丹波市山南町山本。篠ケ峰(ささがみね)より南流する坂尻川と五ケ野川の合流点付近。地名は、明治２０年に山本村が成立時に、旧村名の片山村と福本村の１字ずつをとったらしい。【出典】

■　山本（やまもと）：　広島県広島市安佐南区山本。山本川流域の山沿いに位置する。地名の由来は、中世武田氏が居城した金山城（武田山）の山麓に位置することによるという。【出典】

■　山本（やまもと）：　香川県三豊市山本町。西流する財田川中流域、同川支流神田(こうだ)川・河内川流域に位置する。地名の由来については「西讃府志」に「大山ノ麓ナレバ、呼来レルナルベシ」とあり、大山すなわち讃岐山脈のふもとの意といわれる。【出典】

■　山本（やまもと）：　福岡県久留米市山本町。耳納(みのう)山地、桝形山山麓の扇状地に位置する。地名の由来は、耳納連山を背後に負う名という。山腹に白雉年間に土地の豪族の草野常門が創建したと伝える普光山観興寺がある。【出典】

■　山本（やまもと）：　福岡県北九州市小倉南区山本。紫川中流域、福智山東麓に位置する。地名は地形に由来すると伝えられる。【出典】